Coroczna, oparta na zapisie ustawowym dotacja z budżetu państwa stanowi od początku lat 90. XX w. główne źródło przychodów Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa. W związku z patronatem nad działalnością SKOZK sprawowanym przez polskich prezydentów dotacja ta w ustawach budżetowych ujmowana jest od wielu lat jako osobna pozycja wydatków państwa realizowanych za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP.
W pierwszej dekadzie XXI wieku ilość środków, jakie Państwo za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP przeznaczało na odnowę zabytków Krakowa wzrosła, sięgając w 2007 roku 45,5 mln, w latach 2009–2012 utrzymując na nieco niższym poziomie 42,0 mln zł. W okresie tym fundusze przeznaczone na odnowę zabytków Krakowa stanowiły około 1/4 ogółu wydatków Kancelarii Prezydenta RP. W 2013 roku Kancelaria Prezydenta RP przekazała 39,8 mln zł na restaurację krakowskich zabytków.
W latach 2014–2022 kwoty przekazywane na Narodowy Fundusz Rewaloryzacji Zabytków Krakowa wynosiły 30 mln zł. W 2023 roku po raz pierwszy od wielu lat dotacja celowa z budżetu państwa do Narodowego Funduszu odnotowała wzrost i wyniosła 37 mln zł, co częściowo zrekompensowało ogólny wzrost cen towarów i usług. W ustawie budżetowej na 2024 roku założono przekazanie do Narodowego Funduszu za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP dotacji w wysokości 40 mln zł.
Kwoty przekazywane z budżetu państwa za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP pozwalają każdego roku prowadzić intensywne prace rewaloryzacyjne w ponad 100 obiektach zabytkowych na terenie Krakowa. Należy podkreślić, że każdego roku ogół dysponentów odnawianych przy udziale środków Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa obiektów zapewnia współfinansowanie prowadzonych prac w wysokości zbliżonej do sumy nakładów z budżetu państwa (zasada „złotówka do złotówki”).