Dziesięć lat trwała odnowa wnętrza położonego u podnóża Wawelu kościoła Bernardynów. Przy okazji zażegnano poważne zagrożenie statyki świątyni.
Kościół św. Bernardyna ze Sieny stanowi integralną część zespołu klasztornego Bernardynów, który jest najstarszą siedzibą konwentu tego zakonu na terenie Królestwa Polskiego – założono go u stóp zamku królewskiego na Wawelu w latach 1453–1454 za sprawą króla Kazimierza Jagiellończyka i kardynała Zbigniewa Oleśnickiego. Obecny kościół klasztorny powstał w drugiej połowie XVII wieku w miejscu świątyni gotyckiej zrujnowanej podczas Potopu szwedzkiego. Trójnawowe, przykryte na skrzyżowaniu nawy z transeptem kopułą wnętrze nowego bernardyńskiego kościoła urządzano aż do lat siedemdziesiątych XVIII wieku, nadając mu pełny przepychu, późnobarokowy charakter. W trakcie przeprowadzanych od XIX stulecia restauracji zatracono pierwotny charakter kościoła: misternie marmoryzowane ołtarze zostały przemalowane na jednolity brązowy kolor, jasne ściany i sklepienia zamalowano monochromatycznie szarą farbą, zacierając sygnalizowane stiukiem podziały architektoniczne. Na stan zachowania późnobarokowego wystroju miały też wpływ ujawnione po raz pierwszy w latach międzywojennych zagrożenia konstrukcyjne bryły kościoła. Gdy na początku XXI wieku zinwentaryzowano spękania murów i sklepień, okazało się, że ich łączna długość przekroczyła już 250 metrów!
Kluczowe znaczenie dla restauracji wnętrza kościoła Bernardynów miało przeprowadzone dzięki wsparciu SKOZK w latach 2007–2009, poprzedzone badaniami geotechnicznymi zabezpieczenie konstrukcyjne murów i kopuły. Pozwoliło to zachować właściwy rytm współfinansowanych także przez SKOZK prac konserwatorskich, które objęły inwentaryzację wnętrza i sporządzenie pełnej dokumentacji konserwatorskiej (2004), odnowę prezbiterium z retabulum ołtarzowym (2005–2008), transeptu (2010–2011), naw bocznych (2012) i nawy głównej (2013). W trakcie konserwacji usunięto pochodzące z XIX i XX wieku nawarstwienia i przywrócono wnętrzu kościoła kolorystykę z epoki baroku. W trakcie prac, po zdemontowaniu na czas konserwacji trzech ołtarzy (św. Antoniego, Ecce Homo i św. Jana Chrzciciela) natrafiono pod nimi na pierwotną posadzkę kościoła z połowy XV wieku (po udokumentowaniu i zabezpieczeniu została ona decyzją władz konserwatorskich zakryta).
17 stycznia 2011 roku na zaproszenie SKOZK z przebiegiem prac w kościele Bernardynów zapoznał się na miejscu Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Bronisław Komorowski wraz z Małżonką Anną Komorowską.
Prowadzone od 2004 roku prace we wnętrzu kościoła św. Bernardyna ze Sieny wsparto środkami Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa (ponad 10 mln zł). Dodatkowe środki (500 tys. zł) ojcowie bernardyni pozyskali na konserwację ołtarzy od Polskiego Górnictwa Naftowego i Gazownictwa S.A.