Klasztor Reformatów wraz z kościołem św. Kazimierza królewicza wybudowano w latach 1666–1668. Wkrótce też, już na przełomie XVII i XVIII wieku, zakonnicy założyli w pobliżu zabudowań klasztornych ogród. Z zespołem klasztornym związany jest również wzniesiony naprzeciw kościoła, po drugiej stronie ulicy Reformackiej, zespół kapliczek – stacji Drogi Krzyżowej z obrazami popularnego krakowskiego malarza religijnego Michała Stachowicza z drugiej dekady XIX wieku. Pierwotnie w tym miejscu znajdował się założony przez reformatów cmentarz.
Jednonawowy kościół Reformatów zachował do dziś wiele barokowych elementów wyposażenia, w tym kilka obrazów ołtarzowych, z których na szczególną uwagę zasługuje płótno „Św. Kazimierz” przypisywane Danielowi Schultzowi, nadwornemu malarzowi polskich władców: Jana II Kazimierza, Michała Korybuta Wiśniowieckiego i Jana III Sobieskiego. W skarbcu kościoła zakonnicy przechowują gotycką, wykonaną z kości słoniowej, rzeźbę Madonny z Dzieciątkiem (ok. 1370–1380). Krypty kościoła Reformatów kryją pochówki najznamienitszych obywateli Krakowa oraz przedstawicieli związanej z miastem magnaterii: Wielopolskich, Morsztynów i Szembeków. Dzięki wyjątkowym warunkom mikroklimatycznym pochowane tam zwłoki uległy naturalnemu procesowi mumifikacji: z około tysiąca pochowanych w kryptach zmarłych przetrwały do dziś trumny ze szczątkami pięćdziesięciu osób.
Od 1992 roku prace konserwatorskie w zespole klasztornym Reformatów wspierane są dotacjami przydzielanymi przez Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa z Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa. Dzięki tym środkom udało się m.in. przeprowadzić odnowę wnętrza i wyposażenia świątyni (1992–1996) i rozpocząć (2003), poprzedzone specjalistycznymi badaniami, prace izolacyjne całości zabudowań klasztornych, w których naukowcy stwierdzili silne zawilgocenie i zagrzybienie, szczególnie niebezpieczne dla właściwego zachowania pochówków z krypty.
Do 2011 roku na zadania rewaloryzacyjne na terenie zespołu klasztornego Reformatów SKOZK przeznaczył łącznie 3 348 394 zł.