W miejscu obecnego kościoła św. Michała Archanioła i św. Stanisława Biskupa Męczennika stała pierwotnie romańska rotunda św. Michała (XI wiek). Po kanonizacji św. Stanisława świątynię tę przebudowano w stylu gotyckim z fundacji króla Kazimierza Wielkiego (XIV wiek). Od XV wieku kościołem na Skałce zarządzają paulini sprowadzeni tu przez Jana Długosza. W 1733 roku świątynię rozebrano, by wznieść nową budowlę według projektu A. G. Muntzera i A. Solariego (1733–1742). W efekcie tych prac barokowy kościół na Skałce zyskał rokokową fasadę, poprzedzoną dwoma ciągami schodów ujmujących skrzydłowo wejście do krypty. Wyposażenie wnętrza kościoła jest w większości późnobarokowe.
Znajdująca się pod kościołem Krypta Zasłużonych zbudowana była pierwotnie jako miejsce pochówku paulinów, jednak w latach 1876–1880 przebudowano ją z przeznaczeniem na mauzoleum Polaków zasłużonych dla kultury narodowej. W przebudowanej krypcie znajduje się ołtarz zaprojektowany przez Tomasza Prylińskiego, natomiast ściany zdobi secesyjna polichromia z początku XX wieku. Pierwszą osobą pochowaną w przebudowanej krypcie był Jan Długosz. W czterechsetną rocznicę jego śmierci, podczas zwołanego z tej okazji zjazdu historyków w maju 1880 roku, nastąpił powtórny, manifestacyjny pogrzeb. W następnych latach w krypcie spoczęli m.in.: Wincenty Pol, Józef Ignacy Kraszewski, Adam Asnyk, Henryk Siemiradzki, Stanisław Wyspiański, Jacek Malczewski, Karol Szymanowski, Ludwik Solski, a w 2004 roku – Czesław Miłosz.
Do kościoła przylega od północy czteroskrzydłowy gmach klasztorny wznoszony od pierwszej połowy XVII wieku do ok. 1723 roku. Na dziedzińcu klasztoru znajduje się sadzawka, pośrodku której stoi posąg św. Stanisława (1731). Tradycja łączy to miejsce z męczeństwem św. Stanisława.
Od połowy lat dziewięćdziesiątych SKOZK przeznacza znaczne środki na prace remontowo-konserwatorskie zarówno w kościele, jak i w klasztorze. Przeprowadzono remont konserwatorski wszystkich elewacji kościoła wraz z portalem i bramą główną, konserwację bramy wjazdowej od ul. Skałecznej, prace przeciwwilgociowe i osuszające w Krypcie Zasłużonych oraz przy schodach do kościoła, wykonano remont konserwatorski zespołu biblioteczno-muzealnego w klasztorze, zakonserwowano i zabezpieczono sadzawkę św. Stanisława wraz z otoczeniem, a także przeprowadzono remont konserwatorski elewacji klasztornych z wymianą dachu nad przewiązką, zakonserwowano 4 sarkofagi w Krypcie Zasłużonych. W latach 2010–2011 przeprowadzono remont dachu kościoła, a w latach 2012–2013 kompleksową konserwację wystroju Krypty Zasłużonych. W 2016 roku powrócono do finansowania prac w zespole klasztornym podejmując remont konserwatorski elewacji północnej kościoła.
Łącznie w latach 1994–2016 na prace w zespole klasztornym Paulinów SKOZK przeznaczył 5 933 107 zł.