Zespół klasztorny oo. Franciszkanów Konwentualnych

Fundatorem klasztoru i kościoła zakonu franciszkanów sprowadzonego w 1237 roku do Krakowa z Czech był Bolesław Wstydliwy. Gotycką świątynię na planie krzyża łacińskiego konsekrowano w 1269 roku. Kościół stał sie miejscem pochówku fundatora oraz jego siostry, królowej halickiej błogosławionej Salomei. Na pocz. XV wieku przedłużono prezbiterium kościoła w kierunku wschodnim i zamknięto je trójboczną absydą. W tym samym czasie zostały zbudowane krużganki, które połączyły kaplice i budynki klasztorne w jedną całość. Pożary wielokrotnie niszczyły kościół i zabudowania klasztorne: dwukrotnie w XV wieku, podczas potopu szwedzkiego w 1655 roku, a także, najbardziej dotkliwie, podczas wielkiego pożaru Krakowa w roku 1850. Za każdym razem franciszkanie dźwigali świątynię i klasztor. Podczas odbudowy w II połowie XIX wieku wnętrzu kościoła nadano dominujący do dziś charakter neogotycki. W 1895 roku wschodnią część kościoła ozdobiły polichromie o motywach roślinnych – dzieło Stanisława Wyspiańskiego. Ten sam artysta zaprojektował dla świątyni wspaniałe witraże wykonane w latach 1899-1904, z których najbardziej znane jest znajdujące się w oknie zachodniej fasady wyobrażenie Boga Ojca – Stworzenia Świata.

Mimo licznych kataklizmów dziejowych kościół i klasztor posiada bardzo bogaty wystrój i wyposażenie. W kaplicy Męki Pańskiej znajdują się stacje drogi krzyżowej autorstwa Józefa Mehoffera z lat 1933-1946, grób błogosławionej Anieli Salawy (krakowskiej pomocy domowej i mistyczki zm. w 1922 roku, beatyfikowanej przez  Jana Pawła II w 1991 roku) oraz replika Całunu Turyńskiego. W kaplicy Błogosławionej Salomei spoczywają jej szczątki, natomiast XVII- wieczny ołtarz zdobią posągi księcia Bolesława Wstydliwego i jego matki Grzymisławy oraz obraz wyobrażający wizję błogosławionej Salomei. W kaplicy Matki Boskiej Bolesnej znajduje się czczony od wieków przez krakowian późnogotycki wizerunek Matki Boskiej Smętnej Dobrodziejki Krakowa. W krużgankach klasztoru do dziś zachowały się XV-wieczne freski, z cennym wyobrażeniem tzw. Tłoczni Mistycznej, a także  galeria portretów biskupów krakowskich w formie 13 fresków z XV i początku XVI wieku oraz 30 obrazów sztalugowych od średniowiecza po czasy współczesne.
SKOZK finansował prace w klasztorze od połowy lat 80. XX wieku. W pierwszej kolejności objęły one kompleksową konserwację polichromii w bazylice oraz witraży Wyspiańskiego. Następnie wykonano  konserwację gotyckich polichromii w krużgankach oraz częściowo wymieniono pokrycie dachowe i poddano kompleksowemu remontowi konserwatorskiemu ceglaną elewację kościoła. W dalszej kolejności przeprowadzono prace remontowo-konserwatorskie we wnętrzu auli Błogosławionego Jakuba, polegające m.in. na  odsłonięciu  XIV-wiecznej kamieniarki okiennej. Konserwacji poddano wirydarz i rozmównicę, a także epitafia i portale w krużgankach. Następnym etapem odnowy zespołu klasztorengo była konserwacja kaplicy Włoskiej, gdzie m.in. odnowiono  polichromię, stiuki Baltazara Fontany na sklepieniu oraz drewniane, złocone epitafia biskupów krakowskich. Poddano konserwacji także kaplicę  Matki Boskiej Bolesnej z gotyckim obrazem oraz wystrój kaplicy Błogosławionej Salomei. Prace konserwatorskie prowadzono także w krużgankach, w salach gotyckich oraz w korytarzach klasztornych na I piętrze. Dużym osiągnięciem konserwatorskim jest przeprowadzona w 2007 roku renowacja klasztornej kaplicy św. Eligiusza, gdzie do niedawna znajdowała się jeszcze kuchnia klasztorna. W toku prac odkryto tam i wyeksponowano fragmenty barokowej polichromii oraz wykonano nową aranżację ściany, ukazując relikty pięknego, gotyckiego maswerku. Dzięki środkom SKOZK udało się zakończyć wymianę pokrycia dachu klasztornego (2009), przeprowadzić konserwację wystroju wnętrza gotyckiej zakrystii (2008–2009) oraz odnowić tzw. nową zakrystię (2011–2012). Do najważniejszych zadań zrealizowanych ostatnio (2013-2014) przy wsparciu dofinansowania Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa należy zaliczyć odnowę cyklu witraży autorstwa Stanisława Wyspiańskiego. w 2014 roku przeprowadzono także konserwację elewacji zachodniej bazyliki.

Nie licząc nakładów poniesionych przed 1989 rokiem, SKOZK w latach 1994–2014 przeznaczył na prace w kościele i klasztorze 8 917 173 zł.