Kościół w obecnym, barokowym kształcie powstał u stóp Wawelu, na przedmieściu Stradom w latach 1659-1680. Autorem projektu był pisarz, inżynier wojskowy i architekt Krzysztof Mieroszewski. Świątynię wzniesiono w miejscu starego, ufundowanego dla bernardynów w połowie XV wieku przez kardynała Zbigniewa Oleśnickiego kościoła, który uległ całkowitemu zniszczeniu w czasie Potopu szwedzkiego. Nowa, barokowa świątnia zyskała formę trójnawowej bazyliki z transeptem i ukrytą w dachu kopułą. Kościół ma bogate i pochodzące z różnych okresów wyposażenie wnętrza. Ozdobą przylegającej do prezbiterium kaplicy św. Anny jest rzeźba św. Anny Samotrzeć datowana na schyłek XV wieku i wiązana z warsztatem Wita Stwosza. W kruchcie znajdują się późnorenesansowe nagrobki Stanisława i Zofii Ługowskich. Z lat 1758-1766 pochodzi stanowiący całość kompozycyjną zespół ołtarzowy, na który składa się ołtarz główny w prezbiterium i cztery ołtarze boczne. W okresie Wielkanocy Grób Pański przyozdabiany jest wielką panoramą Golgoty pędzla Tadeusza Popiela, namalowaną w 1911 roku i przewiezioną do Krakowa po II wojnie światowej ze Lwowa. Kościół oo. Bernardynów jest głównym ośrodkiem kultu kanonizowanego w 2007 roku św. Szymona z Lipnicy, zmarłego w 1482 roku kaznodziei bernardyńskiego, opiekuna chorych. W kaplicy pod jego wezwaniem, zdobionej witrażem projektu Józefa Mehoffera, znajduje się mauzoleum z 1662 roku z sarkofagiem kryjącym doczesne szczątki świętego. Do kościoła przylega zespół budynków klasztornych, skupionych wokół czworobocznego dziedzińca, wzniesiony w II połowie XVII wieku. Mieści się w nim m.in. biblioteka z cennym zbiorem inkunabułów i starodruków oraz jedno z najważniejszych na ziemiach polskich archiwów zakonnych.
SKOZK objął finansowaniem kompleksowe prace remontowo-konserwatorskie w zespole oo. Bernardynów w 1998 roku. Prace rozpoczęto od renowacji elewacji kościoła i częściowego remontu jego dachu. W 2002 roku przystąpiono do prac przy elewacji północnego skrzydła klasztoru, mieszczącego m.in. furtę i bibliotekę z cennym zbiorem starodruków i jednym z najbogatszych archiwów zakonnych na ziemiach polskich. Finansowane przez SKOZK prace we wnętrzu świątyni rozpoczęły się w 2003 roku od konserwacji kaplic św. Szymona z Lipnicy i św. Anny, rozszerzając w kolejnych latach odnowę wnętrza świątyni na prezbiterium, transept i nawy boczne. Zwieńczeniem tej wieloletniej rewaloryzacji było zakończenie w 2013 roku konserwacji nawy głównej. W 2014 roku wykonano konserwację dwóch kaplic pod wieżami z przywróceniem pierwotnych wartości estetycznych oraz odnowiono kruchtę wejściową. Całość konserwacji wnętrza kościoła zakończono w 2015 roku. W 2016 roku wykonano prace restauratorskie przy wystroju i wyposażeniu zakrystii.
Łącznie w latach 1998–2016 SKOZK przeznaczył na prace w kościele 13 694 953 zł.