Jeden z najcenniejszych polskich zespołów rezydencjonalno-parkowych z doby renesansu. Piętrową pierwotnie willę ujętą po bokach dwoma ryzalitami wybudował ok. 1535 roku Justus Ludwik Decjusz – pochodzący z Alzacji dyplomata i finansista, od 1520 roku sekretarz króla Zygmunta Starego. Projekt budowli stworzyli włoscy architekci. Przypuszczalnie był wśród nich twórca kaplicy Zygmuntowskiej w katedrze na Wawelu Bartolommeo Berrecci i jego współpracownik Giovanni Cini. Budowla reprezentowała nowy na ziemiach polskich typ nowożytnej willi podmiejskiej, pomyślanej nie tylko jako rezydencja, lecz jako ośrodek życia intelektualnego i literackiego grona krakowskich humanistów. Willę otaczał renesansowy ogród, którego uroki uwiecznił w odzie renesansowy poeta Klemens Janicki. Kolejnymi właścicielami pałacu, a zarazem inicjatorami wielokrotnych przebudów obiektu były arystokratyczne polskie rody. Lubomirscy w latach 1620-1635 nadali willi pod wpływem idei architektury palladiańskiej formę willi maniersytycznej. Nadbudowano wówczas drugie piętno, ozdobiono wnętrza stropami belkowymi z malowidłami oraz przede wszystkim zaopatrzono fasadę między skrajnymi wieżami w podziwianą do dziś arkadową, trzykondygancyjną loggię. Willa zyskała także pierścień fortyfikacji bastionowych. W 1720 roku willa przeszła w ręce Sanguszków, którzy dokonali barokizacji wnętrz. Kolejnej przebudowy dokonała Jadwiga Ledóchowska w 1836, usuwając niezgodne z estetyką romantyzmu elementy barokowe i rozbierając fortyfikacje przeszkadzające romantycznej aranżacji parku. Kolejni właściciele, Czartoryscy, w trakcie przebudowy rozpoczętej w 1882 roku pod kierunkiem Tadeusza Stryjeńskiego nadali budowli obecny, neorenesansowy charakter. Willa ponownie stała się wówczas centrum życia arystycznego. Przebywali w niej i tworzyli artyści, m.in. Jacek Malczewski. Podczas II wojny światowej okupant oddał willę na potrzeby niemieckiej policji. Po wojnie w pałacyku znajdował się Centralny Ośrodek Szkolenia Spółdzielczości Pracy, następnie internat, wreszcie szpital gruźliczy. W latach 70. należąca do Skarbu Państwa willa popadła w niemal całkowitą ruinę. Po przejściu obiektu w 1990 roku na własność Gminy Kraków przystąpiono do prac projektowych i renowacyjnych. Po remoncie konserwatorskim Willa Decjusza odzyskała dawny blask i została oddana w zarząd Stowarzyszeniu "Willa Decjusza", które uwtorzyło w pałacyku forum dialogu kultur i miejsce europejskich spotkań intelektualistów, ludzi kultury i młodzieży.
SKOZK finansował remont kapitalny zrujnowanej willi w latach 1990–1996. W późniejszym okresie dzięki funduszom SKOZK prowadzono prace remontowo-konserwatorskie w pochodzącej z czasów Lubomirskich oficynie zwanej domem Łaskiego oraz w otoczeniu willi (mury oporowe, mury okalające, tarasy, schody, mała architektura w ogrodzie). W 2010 roku SKOZK powrócił do finansowania prac w willi, przeznaczając środki na osuszenie i izolację piwnic, wykonanie projektu renowacji stolarki okiennej oraz konserwację polichromii w tzw. Domu Łaskiego. Ostatnie lata przyniosły ważne odkrycia w rejonie nieistniejącego już reprezentacyjnego wjazdu na dziedziniec pałacu, w oparciu o które powstał projekt odsłonięcia reliktów mostu i bastionów we wschodniej części dziedzińca pałacowego. Zabezpieczenie odkrytych reliktów miało miejsce w latach 2014 i 2015. Również w 2015 r. przeprowadzono awaryjną likwidację źródeł przecieku w obrębie tarasu i schodów z konserwacją kamiennych elementów balustrady na tarasie wschodnim.
W latach 1995–2007 i 2010–2015 SKOZK przeznaczył na prace w willi i jej otoczeniu 5 780 496 zł.