Inicjatorem budowy szpitala przy ulicy Trynitarskiej był pochodzący z Moraw o. Laetus Bernatek, przeor krakowskich bonifratrów w latach 1891–1910. Przybył on do Krakowa jako wizytator zakonny z poleceniem likwidacji podupadającego szpitala mieszczącego się wówczas w budynku przejętym od zakonu trynitarzy przy ul. Krakowskiej. Tymczasem, już jako przeor, zlecił projekt nowego szpitala Teodorowi Talowskiemu, jednemu z najwybitniejszych architektów krakowskich końca XIX wieku. Pod koniec 1906 roku oddano do użytku wybudowany w większości ze składek społecznych, wzorowo jak na owe czasy urządzony, szpital na ponad sto łóżek. Budynek szpitala w swej formie nawiązuje do własnego stylu Talowskiego czerpiącego z historyzmu, secesji i modernizmu.
Szpital wielokrotnie ulegał przekształceniom zarówno jeśli chodzi o organizację, jak i dostosowanie pełnionych funkcji do aktualnych w danym czasie potrzeb. Duże zniszczenia zabudowań szpitalnych i klasztoru spowodowało wysadzenie pobliskiego mostu na Wiśle w 1945 roku. W 1949 roku szpital upaństwowiono, a zakonnikom zakazano wstępu na jego teren. Wprawdzie już w 1980 roku bonifratrzy na terenie klasztoru utworzyli przychodnię i aptekę, jednak dopiero w 1997 roku, na mocy porozumienia z wojewodą małopolskim, szpital powrócił do zakonu jako pierwszy niepaństwowy szpital w Polsce.
SKOZK objął dofinansowaniem odnowę gmachu szpitala Bonifratrów w 2002 roku. W latach 2002–2005 przeprowadzono kompleksowy remont dachu budynku (łącznie z wieżą), w latach 2007–2015 konserwowano jego elewacje, a w 2016 roku wykonano remont konserwatorski muru przyszpitalnego.
Do 2016 roku na odnowę szpitala Bonifratrów SKOZK przeznaczył łącznie 2 524 024 zł.