Kościół św. Wojciecha zaliczany jest do najstarszych świątyń Krakowa; jest też najstarszą murowaną budowlą w obrębie Rynku Głównego. Romański kościół, wzniesiony na przełomie XI i XII wieku, zastąpił drewnianą świątynię stojącą w tym miejscu już najprawdopodobniej pod koniec X wieku. Od 1404 roku kościołem św. Wojciecha zarządzali profesorowie Uniwersytetu Krakowskiego. To właśnie z inicjatywy uczelni w XVII wieku przebudowano świątynię, podwyższając jej mury, które zwieńczono eliptyczną kopułą. W następnym stuleciu wprowadzono do wnętrza kościoła barokowe wyposażenie oraz dobudowano zakrystię i kaplicę bł. Wincentego Kadłubka. Do dziś widoczne są jednak ślady romańskiej przeszłości tej budowli: w południowej ścianie świątyni zachował się kamienny portal z XII wieku, a dolne partie kościelnych murów odsłaniają kamienne ciosy – pierwotny budulec świątyni.
W latach 1990–1993 Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa po raz pierwszy wsparł prace rewaloryzacyjne w kościele św. Wojciecha. Udało się wówczas m.in. przeprowadzić konserwację organów oraz siedemnastowiecznego obrazu „Św. Wojciech” z ołtarza głównego, a także wykonać izolację pionową świątyni. W latach 2004–2006 SKOZK zaangażował się w konserwację romańskich partii murów oraz w prace wokół otoczenia kościoła, w tym w wymianę nawierzchni (była to część prac wykonanych w ramach generalnego remontu nawierzchni Rynku Głównego). W 2009 roku zainicjowano kompleksowy remont konserwatorski wnętrza świątyni, który rozpoczęto od renowacji kaplicy bł. Wincentego Kadłubka (w toku prac konserwatorzy odkryli i odsłonili pierwotny wystrój malarski kaplicy). Obecnie trwają prace w nawie głównej. Do ważnego osiągnięcia konserwatorskiego należy zaliczyć odnowę krucyfiksu z belki tęczowej (2011–2012), przy okazji której stwierdzono, że jest on przykładem jednego z najwcześniejszych importów rzeźby włoskiego renesansu na ziemie polskie. W latach 2013-2014 kontynuowano prace konserwatorskie we wnętrzu kościoła, m.in. przy chórze muzycznym.
Do 2014 roku SKOZK przeznaczył na prace rewaloryzacyjne w kościele św. Wojciecha 2 720 594 zł.