Wczesnobarokowy kościół św. Marcina wybudowano na miejscu ufundowanej w XII wieku romańskiej świątyni. Inspirowana przez dwór królewski Władysława IV Wazy budowa przypadła na przełom lat trzydziestych i czterdziestych XVII wieku. Pierwszym gospodarzem kościoła został konwent sprowadzonych z Niderlandów karmelitanek bosych, które zarządzały świątynią do 1787 roku, gdy przeniosły swój klasztor na krakowskie przedmieście Wesoła (obecnie ul. Kopernika 44). Opuszczoną przez zakonnice świątynię władze kościelne planowały sprzedać. Ostatecznie w drugiej dekadzie XIX wieku przekazano ją krakowskim ewangelikom, którzy dzielą ją dziś z mariawitami.
Jednonawowe wnętrze kościoła zamyka klasycystyczny ołtarz zwieńczony gotyckim krucyfiksem z około 1370 roku. W ołtarzu umieszczono obraz Henryka Siemiradzkiego „Chrystus uciszający burzę” z 1882 roku.
W latach 1994–1998 odnowę kościoła św. Marcina wspierał Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa. Udało się wówczas m.in. przeprowadzić konserwację ołtarza i gotyckiego krucyfiksu, wymienić posadzkę i zamontować urządzania przeciwwilgociowe. Renowacji poddano również fasadę budowli.