Romański kościół św. Andrzeja jest jedną z najstarszych zachowanych budowli w Polsce. Powstał w latach 1079-1098 z fundacji Sieciecha, palatyna księcia Władysława Hermana, jako główna świątynia położonej u stóp Wawelu osady Okół. Wedle późnego przekazu Jana Długosza w mającym obronny charakter kościele znaleźli schronienie mieszkańcy Okołu w czasie najazdu tatarskiego w 1240 roku. Świątynia początkowo była kolegiatą pod patronatem benedyktynów z Sieciechowa, a potem z Tyńca. Ok. 1316 roku do kościoła przeniosły się z klasztoru w Skale siostry klaryski, których wspólnota funkcjonuje nieprzerwanie do dziś w sąsiadującym z kościołem domu zakonnym powstałym z fundacji króla Władysława Łokietka. Bryła kościoła zachowała pierwotny, romański charakter dwuwieżowej bazyliki typu saskiego wzniesionej z ciosów wapienia i piaskowca, z dwiema flankującymi fasadę zachodnią, u podstawy czworoboczymi, a w górnych partiach ośmiobocznymi wieżami. Romańską sylwetę z biforiami wież i triforium w elewacji zachodniej zaburzają nieco późniejsze nawarstwienia architektoniczne: gotyckie oratorium z pierwszej ćwierci XIV wieku wykorzystywane dziś jako zakrystia, barokowe hełmy wież i portal przy północnym wejściu. Wnętrze posiada bogaty wystrój z doby baroku, autorstwa czołowych artystów działających w tym okresie w Polsce. Dekorację stiukową wykonał Baltazar Fontana (1701), zaś ołtarz główny z czarnego marmuru z obrazem bł. Salomei zaprojektował przypuszczalnie Franciszek Placidi. Cennym elementem wyposażenia jest także ambona w kształcie łodzi, pochodząca z 3 ćwierci XVIII wieku. W kościele znajdują się także liczne zabytki epigrafiki.
Kościół św. Andrzeja jako jeden z najcenniejszych zabytków architektury wczesnego średniowiecza w Polsce był w okresie powojennym przedmiotem stałego zainteresowania konserwatorów i archeologów. SKOZK przejął główny ciężar finansowania kompleksowych prac remontowo-konserwatorskich w świątyni i przyległym klasztorze Klarysek w roku 1990. Dzięki środkom SKOZK prowadzono przez wiele lat roboty przy elewacjach całego zespołu. Prace remontowe i konserwatorskie objęły też konstrukcję i pokrycie dachów oraz hełmów wież. W 1999 roku podjęto prace renowacyjne we wnętrzu świątyni – m.in. przy ołtarzach bocznych, ołtarzu św. Kingi, ołtarzu św. Klary. Wybitnym odkryciem dokonanym w czasie prac konserwatorskich było ujawnienie, odsłonięcie i konserwacja w 2001 roku przez zespół pod kierunkiem prof. Władysława Zalewskiego jedynej przetrwałej w Krakowie romańskiej dekoracji malarskiej z XII wieku, której fragmenty odkryto w reliktowo zachowanej południowej absydioli. W latach 2003–2005 przeprowadzono konserwację drzwi wejściowych, chóru muzycznego i barokowej ambony. Dużym osiągnięciem konserwatorów była kompleksowa odnowa kaplicy klasztornej, gdzie uporano się z występującym na wielką skalę zjawiskiem zagrzybienia murów. W latach 2008-2009 roku dzięki środkom SKOZK zabezpiecznono izolację poziomą i pionową ścian klasztoru od strony ul. Grodzkiej i wirydarza, natomiast w 2010 roku wykonano konserwację drzwi na chór. Do ważnych przedsięwzięć konserwatorskich ostatnich lat należy zaliczyć kompleksową odnowę zakrystii kościoła św. Andrzeja (2011–2012), którą identyfikuje się z kaplicą grobową możnowładczej rodziny Tęczyńskich, prowadzone od 2011 roku prace konserwatorskie przy barokowym wyposażeniu kościelnej empory oraz zabezpieczenie w trybie awaryjnym zabytkowego stropu nad klasztornym refektarzem (2013-2014). W 2014 roku kontynuowano również prace we wnętrzu chóru – wykonano konserwację ołtarza Matki Boskiej z przywróceniem pierwotnej kolorystyki struktury i pierwotnej warstwy malarskiej obrazu. W latach 1995–2014 SKOZK wspomógł odnowę kościoła i klasztoru sumą 5 045 165 zł.