Kościół pw. Przemienienia Pańskiego wzniesiony został w l. 1718-1728 dla zakonu pijarów, przybyłego do Krakowa w połowie XVII w. i zajmującego się szkolnictwem. Projekt kościoła opracował Kacper Bażanka, natomiast powstałą w l. 1759-1761 fasadę zaprojektował architekt królewski Franciszek Placidi. Zdobiący wnętrze kościoła zespół iluzjonistycznych polichromii, nawiązujący do rzymskiej tradycji Andrea del Pozzo, a będący jednym z najdoskonalszych artystycznie przykładów tego typu dekoracji na ziemiach polskich, jest dziełem przybyłego z Moraw Franciszka Ecksteina, pod którego nadzorem wykonano także w 1733 r. jednolite stylistycznie wyposażenie wnętrza. W kościele złożone jest serce ks. Stanisława Konarskiego – pijara, orędownika reformy państwa i odnowiciela szkolnictwa polskiego w XVIII w.
Odnowa kościoła oo. Pijarów należy do najbardziej skomplikowanych i najdłużej trwających przedsięwzięć rewaloryzacyjnych prowadzonych przez SKOZK. Kompleksowe prace konserwatorskie we wnętrzu podjęto pod kierunkiem p. Magdaleny Kalicińskiej w 1996 r., po wykonaniu w roku poprzednim ocieplenia sklepienia. Konserwacja objęła całe wnętrze nawy głównej, poczynając od iluzjonistycznej polichromii wykonanej w technice mokrego fresku, przez ściany, w tym lustrzane okna, po kaplice boczne. Równolegle z pracami konserwatorskimi trwały prace badawcze, w trakcie których odkryto m.in. pierwotny wystrój malarski ambony i balustrady chóru muzycznego. W 2001 r. przystąpiono do prac w prezbiterium, gdzie wraz z konserwacją malowideł uprzednią kompozycję Przemienienia Pańskiego we wnęce ołtarzowej zastąpiono nową, wzorowaną na obrazie Chistophoro Untherpergera. W l. 2002-2003 miała miejsce kompleksowa konserwacja kaplicy Chrystusa Miłosiernego, a w l. 2004-2005 konserwacja nowej i starej zakrystii. Konserwacja polichromii i wszystkich elementów wystroju przyniosła znakomity efekt artystyczny i estetyczny. Dzięki środkom SKOZK wykonano również remont pokrycia dachowego nad nawą główną, a w 2006 r. nad nawami bocznymi kościoła. W 2007 r. poddano renowacji fasadę kościoła, będącą efektownym zamknięciem widzianej z Rynku Głównego perspektywy ul. św. Jana. Wadliwą z punktu widzenia estetyki, zastosowaną w XX w. kolorystykę w tonacji błękitu zastąpiono cieplejszymi barwami oliwkowego beżu i ecru. W l. 2009-2013 trwały prace przy konserwacji i izolacji ścian elewacji klasztoru. W 2014 roku m.in. wykonano remont konserwatorski elewacji klasztoru od strony ul. Pijarskiej oraz przywrócono pierwotny układ schodów do kościoła.
Łączne nakłady SKOZK na prace w kościele i przyległym klasztorze Pijarów do końca 2014 r. wyniosły 6 873 386 zł.