Karmelici dawnej obserwancji (zwani Karmelitami Trzewiczkowymi) sprowadzeni zostali do Krakowa z Pragi w 1397 roku przez króla Władysława Jagiełłę i św. Jadwigę Królową. Przekazano im będący od dwóch lat w budowie kościół pw. Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny na przedmieściu zw. Piasek oraz przyległe ogrody, w których zaczęto wznosić zabudowania klasztorne i gospodarcze. Budowa świątyni i klasztoru trwała przez cały wiek XV. Klasztor i część kościoła zburzyli Szwedzi przygotowujący się w 1656 roku do obrony Krakowa przed wojskami polskimi. Obecna barokowa, trójnawowa bazylika z wielobocznie zamkniętym prezbiterium wzniesiona została w latach 1656-79 z wykorzystaniem gotyckich murów starego kościoła. Do najcenniejszych elementów jej wyposażenia należy ołtarz główny, jedno z najpiękniejszych dzieł snycerskich polskiego baroku, oraz późnobarokowe organy. Do kościoła od strony południowej przylegają dwie cenne kaplice. W kaplicy Matki Boskiej Szkaplerznej, powstałej w latach 1643-1645 z fundacji Bractwa Szkaplerza Świętego, znajduje się otoczony kultem XVII-wieczny obraz Patronki kaplicy. Druga z kaplic, pw. Matki Boskiej Piaskowej, w swoim głównym ołtarzu posiada namalowany na południowej ścianie kościoła pod koniec XV wieku, szczęśliwie ocalały i słynący cudami obraz Madonny z Dzieciątkiem, przed którym miał się modlić w 1683 roku król Jan III Sobieski przed wyruszeniem pod Wiedeń. Na zewnątrz, za kratą znajduje się kamień z – jak głosi legenda – odciskiem stopy św. Jadwigi Królowej, która miała doglądać budowy kośćioła. W zabudowaniach klasztornych z okresu zakończonej w 1679 roku odbudowy zachował się m.in.barokowy portal, krużganki z polichromiami, hall oraz klatka schodowa. Obecnie klasztor mieści siedzibę władz prowincjalnych, seminarium duchowne oraz posiadającą piękny wystrój bibliotekę z bogatymi zbiory archiwalnymi i średniowiecznymi kodeksami.
SKOZK objął finansowaniem prace remontowo-konserwatorskie w zespole oo. Karmelitów w 1993 roku, począwszy od od prac konstrukcyjnych i zabezpieczających budynek klasztoru oraz wieże kościoła od strony ul. Garbarskiej. Następnie finansowano konserwację barokowych polichromii w krużgankach klasztoru. W latach 1996-1997 zrealizowano pod kierunkiem prof. Wł. Zalewskiego poprzedzoną pracami badawczymi i projektowymi konserwację biblioteki. Wykonano także prace konserwatorskie w hallu klasztornym i przy barokowym sklepieniu klatki schodowej. W latach 1998-2000 SKOZK finansował kompleksowe prace konserwatorskie w kaplicy Matki Boskiej Szkaplerznej, a w latach 2003-2008 kompleksowe prace we wnętrzu i przy elewacjach kaplicy Matki Boskiej Piaskowej. W 2009 roku wsparciem finansowym SKOZK objął remont konserwatorski fasady kościoła i jego elewacji wschodniej z wieżami W 2009 roku wsparciem finansowym SKOZK objął remont konserwatorski fasady kościoła i jego elewacji wschodniej z wieżami, natomiast w latach 2010-2011 przeprowadzono konserwację elewacji bazyliki od strony ul. Garbarskiej wraz z niezbędnymi robotami stabilizacyjnymi konstrukcji obiektu. W latach następnych przeprowadzono remont konserwatorski elewacji klasztoru przy dziedzińcu głównym wraz z rekonstrukcją stolarki okiennej oraz prowadzono prace naprawcze i wzmacniające konstrukcję kościoła.
Łącznie w latach 1995-2016 SKOZK przeznaczył na prace w zespole klasztornym na Piasku 7.272.939 zł.