Kościół Bożego Ciała zaliczany jest do najpiękniejszych przykładów wczesnogotyckiego budownictwa sakralnego w Krakowie. Ufundował go ok. 1340 r. Kazimierz Wielki, przeznaczając na kościół farny lokowanego przez siebie miasta Kazimierz. Budowa kościoła trwała do XVI w., a w XVII w. świątynię poddano znacznym przemianom: podwyższono jej wieżę, dobudowano kruchty wejściowe, po południowej stronie powstała kaplica Zwiastowania, istotnie zmieniono urządzenie wnętrza kościoła. W dzisiejszej postaci kościół jest dobrze zachowaną, trójnawową, beztranseptową bazyliką gotycką, której bryły nie zdołały zniekształcić przebudowy doby baroku. Na wyposażenie wnętrza składają się wytwory artystyczne kolejnych epok od elementów gotyckich z XV w., przez dzieła krakowskiej snycerki doby manieryzmu po okazałe kompozycje z XVIII w. Mury kościoła poddawane były wielokrotnie reperacjom oraz dwóm większym konserwacjom – w 1899 r. i w l. 1932-1940. W drugiej połowie XX w. kościół wyposażono w rozbudowany zespół organowy.
Prace konserwatorskie przy kościele Bożego Ciała finansowane ze środków SKOZK rozpoczęły się w 1995 r. Przystąpiono wówczas do kompleksowego remontu konserwatorskiego poszczególnych elewacji kościoła. W ramach rozpoczętego w 2005 r. remontu dachu wymieniono stare pokrycie na nową dachówkę, wzmocniono i zabezpieczono więźbę dachową. W l. 1996-1997 oraz 2002-2004 prace konserwatorskie realizowano również we wnętrzu kościoła, poddając konserwacji gotycką kaplicę św. Anny oraz manierystyczne stalle w prezbiterium.
W latach 2007-2009 SKOZK sfinansował konserwację elewacji kościoła oraz kompleksowy remont konserwatorski kaplicy Zwiastowania wraz z kopułą. W 2009 roku sfinansowano konserwację XV-wiecznego obrazu Matki Bożej od Demonów, natomiast w roku 2010 przystąpiono do konserwacji wnętrza bazyliki, którą poprzedziła kompleksowa ekspertyza. W latach 2011-2014 przeprowadzono szereg działań konserwatorskich w prezbiterium, a przede wszystkim wykonano kompleksową restaurację dwukondygnacyjnego ołtarza głównego – jednego z najpiękniejszych w Polsce zabytków snycerki z pierwszej połowy XVII w. Kontynuowane są kompleksowe prace przy konserwacji bezcennego wnętrza kościoła, m.in. sklepieniu prezbiterium. W 2016 roku przeprowadzono konserwację techniczną ołtarza bocznego.
Łączny koszt prac finansowanych przez SKOZK w latach 1995-2016 wyniósł 17.077.117 zł.