Decyzję o uczczeniu Tadeusza Kościuszki (zm. 1817) wzniesieniem ze składek społecznych kopca na wzgórzu św. Bronisławy podjął Senat Wolnego Miasta Krakowa w lipcu 1820 roku.
O wyborze nietypowej formy upamiętnienia przywódcy Insurekcji i bohatera walki o niepodległość Stanów Zjednoczonych zadecydowało nawiązanie do prehistorycznych kopców – Krakusa i Wandy. Prace przy usypywaniu kopca rozpoczęły się 16 października 1820 roku od złożenia w kamiennej podstawie aktu erekcyjnego oraz m.in. ziemi przywiezionej przez chłopów z pola bitwy pod Racławicami, a także broni i kul armatnich z czasów powstania 1794 roku. Budowę ukończono w 1823 roku.
Po likwidacji Rzeczypospolitej Krakowskiej austriackie władze wojskowe podjęły decyzję o włączeniu Kopca Kościuszki do systemu fortyfikacji Twierdzy Kraków. W ramach prac fortyfikacyjnych 1853 roku wokół podstawy kopca wzniesiono mur oporowy z neogotycką kaplicą św. Bronisławy projektu Feliksa Księżarskiego, a na przedpolu kopca w latach 1850–1856 fort cytadelowy „Kościuszko”. W okresie autonomii galicyjskiej kopiec pozostawał obok Wawelu głównym celem pielgrzymek narodowych ze wszystkich zaborów, odgrywając szczególną rolę w edukacji patriotycznej ludności wiejskiej.
Od roku 1990 SKOZK włączył się w dofinansowanie prac zabezpieczających skarpy kopca przed osuwaniem i remont ścieżek prowadzących na jego szczyt. Po dotkliwym uszkodzeniu stoków kopca przez ulewne deszcze w 1997 roku sporządzono projekt jego kompleksowego remontu realizowany w latach następnych. SKOZK dofinansował również konserwację otaczających kopiec murów oporowych. Ponownie problem osuwania się zboczy Kopca wystąpił podczas katastrofalnych deszczów wiosną i latem 2010 roku. Dzięki wsparciu Komitetu zdołano przed nastaniem zimy zabezpieczyć osuwisko, a wiosną 2011 roku wyremontować ścieżki. Obecnie Komitet Kopca Kościuszki poszukuje środków na wykonanie systemu drenażowego i stabilizację. Koszt tego przedsięwzięcia szacowany jest na kilka milionów zł.
Łącznie w latach 1990–1995, 1998–2007 i 2010–2011 SKOZK dofinansował prace przy Kopcu Kościuszki kwotą 9.344.723 zł.