Katedra pod wezwaniem św. Stanisława Biskupa Męczennika i św. Wacława na Wawelu to najznakomitszy pod względem historycznym i artystycznym kościół w Polsce, pamiątka 1000 lat dziejów Polski, pomnik kultury artystycznej i duchowej Polaków, miejsce koronacji i pochówków polskich królów, nekropolia świętych, bohaterów narodowych i wieszczów. Rozwój monumentalnej katedry na wzgórzu wawelskim trwał nieprzerwanie od początków polskiej państwowości w X wieku po schyłek dawnej Rzeczypospolitej w końcu XVIII wieku osiągając swe apogeum w trzeciej na tym miejscu, gotyckiej katedrze (1320-1364) oraz uznawanej za najdoskonalsze dzieło renesansu włoskiego na północ od Alp kaplicy Zygmuntowskiej (1517-1533). Szczegółowe informacje o historii i sztuce katedry znaleźć można m.in. na stronie Królewskiej Katedry na Wawelu .
Pomoc SKOZK w odnowie katedry wawelskiej stała się możliwa na szerszą skalę ze względów polityczno-ustrojowych dopiero po 1989 roku Społeczny Komitet, przyjmując w 1991 roku 10-letni program odnowy wzgórza wawelskego, uznał prace konserwatorskie w katedrze za zadanie priorytetowe. Od tego momentu SKOZK corocznie finansuje odnowę kościoła katedralnego. Do roku 2000, w którym przypadał jubileusz 1000-lecia biskupstwa krakowskiego, udało się odnowić fasady nawy katedry, skarbca i wież, a także poddać remontowi konserwatorskiemu kopuły i hełmy wszystkich kaplic i wież. Konserwacją objęto także wszystkie okna witrażowe katedry. We wnętrzu renowacji poddano ołtarz główny i elementy wyposażenia prezbiterium oraz wnętrza skarbca. Wielkim sukcesem konserwatorskim okazała się przeprowadzona przez zespół pod kierunkiem członka SKOZK, prof. Władysława Zalewskiego, a sfinansowana ze środków pozostających w dyspozycji Komitetu konserwacja kaplicy Świętokrzyskiej, obejmująca zarówno bezcenne, XV-wieczne malowidła rusko-bizantyńskie, jak i tryptyk, nagrobki (w tym króla Kazimierza Jagiellończyka dłuta Wita Stwosza) oraz pozostałe elementy wyposażenia. W 2002 roku dzięki środkom Komitetu zespół pod kierunkiem prof. Ireneusza Płuski, także członka SKOZK, przystąpił do wielkiego przedsięwzięcia kompleksowej renowacji wnętrza kaplicy Zygmuntowskiej. Prace, podczas których zastosowano m.in. laser, przyniosły znakomity efekt konserwatorski i artystyczny, doceniony przez światowe autorytety w dziedzinie konserwacji. W latach 2005-2007 całościowej konserwacji poddano kaplicę Stefana Batorego. Zabiegi konserwatorskie objęły tu zarówno architekturę, jak i cenny wystrój z nagrobkiem króla – dziełem florenckiego artysty Santi Gucciego – oraz manierystyczną dekoracją malarską z końca XVI wieku. W 2008 roku dzięki funduszom Komitetu przystąpiono do prac przygotowawczych, a w roku 2009 rozpoczęto kompleksową renowację wnętrza kaplicy Wazów. W roku 2008 ze środków SKOZK naprawiono izolację otoczenia katedy, zapobiegając zalewaniu Grobów Królewskich wodą opadową, oraz zakończono renowację zakrystii przy kaplicy bpa Tomickiego, gdzie odkryto i wyeksponowano nieznaną dotąd renesansową dekorację malarską. W roku 2009 m.in. wymieniono pokrycie dachu nad kaplicą biskupa Konarskiego i nad wejściem południowym do katedry. Do ważnych osiągnięć konserwatorskich należy zaliczyć przeprowadzoną w latach 2009-2011 kompleksową konserwację kaplicy Wazów. W następnych latach przeprowadzono kompleksową renowację wnętrza kaplicy Potockich oraz remont dachu i kopuły nad kaplicą biskupa Tomickiego. Poddano także konserwacji drzwi z okresu panowania króla Kazimierza Wielkiego w zachodnim wejściu do Katedry przywracając im pierwotną barwę malachitową. W katedrze odrestaurowano także pomnik grobowy Jana III Sobieskiego w obejściu prezbiterium oraz wykonano I etap remontu konserwatorskiego ścian i sklepień ambitu.
Łącznie w latach 1995-2014 SKOZK przeznaczył na prace w katedrze i przyległych obiektach kościelnych na Wawelu 25.239.063 zł.