Dom wzniesiony w I połowie XIV w. u stóp Wawelu, w 1413 r. przekazany krakowskiej kapitule katedralnej. W 1415 r. kanonik Mikołaj Hinczowic przebudował budynek, adaptując go na mieszkania dla kanoników. W 1450 r. kapituła przekazała dom Janowi Długoszowi, który w 1454 r. dobudował mu I piętro. Podczas pożaru miasta w 1455 budynek ten ocalał jako jedyny przy ul. Kanoniczej. W 1571 r. podparto ściany zewnętrzne zachowanymi do dziś skarpami, udekorowano wnętrza malowidłami, dodano portal ozdobiony inskrypcją. W 1775 r. przebudowano galerie od strony dziedzińca oraz dach nadając mu obecny kształt. Od 1873 r. Fraciszek Wyspiański (ojciec Stanisława) miał tu swoją pracownię rzeźb. W końcu XIX w. kapituła odstąpiła dom biskupom krakowskim. W 1900 r. wzniesiono na tyłach domu seminarium duchowne i częściowo adaptowano wnętrza na potrzeby Kurii Biskupiej. W 1991 r. budynek poświęcił w czasie pielgrzymki do Ojczyzny papież Jan Paweł II. Obecnie znajduje się tu siedziba rektoratu Papieskiej Akademii Teologicznej.
Dom ten uwiecznił w Stanisław Wyspiański w słynnym wierszu:
U stóp Wawelu miał ojciec pracownię,
wielką izbę białą wysklepioną,
żyjącą figur zmarłych wielkim tłumem;
tam chłopiec mały chodziłem, co czułem,
to później w kształty mej sztuki zakułem.
Przywołaniem umieszczonego na renesansowym portalu motta Nil est in homine bona mente melius ("Nie ma w człowieku nic lepszego od dobrej myśli") Jan Paweł II rozpoczął 8 czerwca 1997 r. w krakowskiej kolegiacie św. Anny wygłaszanie orędzia do świata polskiej nauki.
SKOZK prowadził prace remontowo-konserwatorskie w domu Długosza w l. 1996-1999, kiedy odnowiono elewacje zewnętrzne od ul. Kanoniczej i ul. Podzamcze oraz wewnętrzne od strony dziedzińca, dokonując częściowej wymiany tynków. W dalszych etapach wyremontowano dach, zrekonstruowano bramę wejściową oraz ganki komunikacyjne, wymieniono podłogę i tynki w sali Długosza. Po kilkuletniej przerwie, w 2003 r. dzięki środkom SKOZK wykonano rekonstrukcję głównej klatki schodowej oraz schodów wejściowych i drzwi do sali Długosza. Do finansowania prac w tym obiekcie SKOZK powrócił w latach 2015 i 2016 partycypując w naprawie konstrukcyjnej elewacji południowej oraz w konserwacji portalu kamiennego z bramą wejściową.
Łącznie SKOZK w l. 1996-99, 2003 oraz 2015 i 2016 przeznaczył na prace w domu Długosza 569.732 zł.