Włączony w system umocnień Krakowa budynek zw. Domus Munitionis wzniesiony został w 1533 r. przez króla Zygmunta Starego u stóp Wawelu, obok nieistniejącej dziś bramy Grodzkiej. W 1643 r., za panowania Władysława IV uległ gruntownej przebudowie, przez co w późniejszej tradycji określany był także mianem Arsenału Władysława IV. Ukształtował się wówczas murowany, parterowy budynek w stylu barokowym z fasadą flankowaną dwoma piętrowymi nadbudówkami, z trzema portalami od ul. Grodzkiej i zachowaną do dziś tablicą fundacyjną nad głównym wejściem. Od 1675 Arsenał był siedzibą ludwisarni, w 1818 roku został zamieniony w magazyn, a po przebudowie w 1846 r. – na koszary. Współczeną formę o silnym zaznaczonym w wyższych kondygnacjach wpływie modernizmu budynek zyskał w 1927 r. po przebudowie na potrzeby Uniwersytetu Jagiellońskiego według projektu architekta Stanisław Filipkiewicza. Mieścił się tu Instytut Geografii UJ, a po jego wyprowadzce na nowy kampus UJ, od 2005 r. ma w Arsenale swoją siedzibę część katedr Wydziału Polonistyki UJ.
SKOZK finansował prace remontowo-konserwatorskie przy elewacji Arsenału w 2006 r. W następnym roku dzięki pomocy SKOZK zrekonstruowano trzy dębowe bramy oraz zakonserwowano dwa naświetla.
Łącznie w l. 2006-2007 SKOZK przeznaczył na prace w Arsenale 642.940 zł.