20 listopada 1999 r. Społeczny Komitet otrzymał od Parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny medal „2000 lat chrześcijaństwa” jako wyraz wdzięczności za pomoc w renowacji Bazyliki Mariackiej – jednego z symboli Krakowa, perły polskiego gotyku górującej od XIII w. nad krakowskim Rynkiem. SKOZK był głównym darczyńcą prowadzonej w latach 90-tych XX w. przez Parafię odnowy kościoła. Wręczenie medalu poprzedziło odprawienie w Bazylice przez arcybiskupa metropolitę krakowskiego kardynała Franciszka Macharskiego Mszy Świętej dziękczynnej w podzięce za zakończenie dziesięcioletnich prac konserwatorskich.
Awers medalu zawiera przedstawienie kościoła Mariackiego. Rewers wyobraża sylwetkę Jana Pawła II na tle ołtarza Wita Stwosza, nawiązując do nawiedzenia bazyliki przez Ojca Świętego podczas pielgrzymki do Ojczyzny w 1999 r.