5 stycznia 2009 r. metropolita krakowski Ks. Kardynał Stanisław Dziwisz poświęcił po zakończeniu sfinansowanych przez SKOZK prac konserwatorskich kaplicę w Pałacu Arcybiskupów Krakowskich przy ul. Franciszkańskiej 3, pełniącą funkcje kaplicy domowej kardynała Karola Wojtyły w okresie jego posługi arcybiskupiej w Krakowie. Po zakończeniu Mszy św. Kardynał spotkał się z władzami SKOZK i konserwatorami prowadzącymi prace w kaplicy. Przedstawiciele Komitetu otrzymali z rąk Gospodarza medale Jana Pawła II „Za zasługi dla Archidiecezji Krakowskiej”: przewodniczący SKOZK, prof. Franciszek Ziejka, i zastępca przewodniczącego SKOZK prof. Bogusław Krasnowolski – złote, a pracownicy Biura SKOZK Maciej Wilamowski i Krystyna Łaciak – srebrne. Złoty medal otrzymał także dyrektor Zarządu Rewaloryzacji Zespołów Zabytkowych Krakowa, inż. Tadeusz Murzyn.
Odznaczenia zostały przyznane w dowód uznania dla wkładu Społecznego Komitetu w ratowanie zabytków sztuki sakralnej Krakowa i odnowę zabytków związanych z życiem i działalnością polskiego papieża. SKOZK od chwili swego powstania pomógł prowadzić prace konserwatorskie m.in. w katedrze na Wawelu, 54 zabytkowych kościołach i klasztorach Krakowa, a także w miejscach, w których mieszkał Karol Wojtyła – w gmachu dzisiejszego Muzeum Archidiecezjalnego przy ul. Kanoniczej oraz właśnie w pałacu arcybiskupim.
Awers medalu przedstawia postać Jana Pawła II, rewers – herb ks. kard. Stanisława Dziwisza na tle sylwet Katedry i bazyliki Mariackiej.