Prezydent RP na podstawie ustawy powołuje Przewodniczącego i członków SKOZK. Kancelaria Prezydenta RP zapewnia Komitetowi obsługę administracyjno-organizacyjną przez działające w Krakowie Biuro SKOZK. Prezydent RP ma zasadniczy wpływ na skalę pomocy Państwa dla procesu restauracji krakowskich zabytków, występując za pośrednictwem Rady Ministrów do Sejmu RP o ujęcie w ustawie budżetowej odpowiedniej dotacji dla znajdującego się w dyspozycji SKOZK Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa. Dotacja ta jest przekazywana Komitetowi za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP.
W latach 2009–2012 Kancelaria Prezydenta RP oddawała każdego roku do dyspozycji SKOZK sumę 42,0 mln zł, w 2013 roku – 39,8 mln zł, w latach 2014–2022 – 30,0 mln zł. W roku 2023 Kancelaria Prezydenta RP przekazała 37 mln zł na restaurację krakowskich zabytków. W ustawie budżetowej na 2024 roku założono przekazanie do Narodowego Funduszu za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP dotacji w wysokości 40 mln zł. Kwoty przekazywane z budżetu państwa za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP oraz zbliżone kwotowo nakłady własne właścicieli i użytkowników zabytków pozwalają każdego roku prowadzić intensywne prace rewaloryzacyjne w około 100 obiektach na terenie Krakowa.