Cysterskie opactwo w Mogile to jeden z największych zespołów klasztornych w Krakowie. Wśród zespołów monastycznych dojrzałego średniowiecza wielkością i znaczeniem mogą się z nim mierzyć w Krakowie jedynie klasztory Benedyktynów w Tyńcu i Norbertanek na Zwierzyńcu.
Początki opactwa Cystersów sięgają lat dwudziestych XIII wieku, kiedy to do podkrakowskiej wówczas wsi Mogiła biskup Iwo Odrowąż sprowadził francuskich zakonników. W ciągu czterdziestu lat mnisi wznieśli wczesnogotycki kościół św. Wacława i pierwsze zabudowania klasztorne. Przez kolejne trzy stulecia klasztor rozbudowywał się: w XIV wieku z fundacji króla Kazimierza Wielkiego wybudowano gotyckie krużganki i podwyższono nawę kościoła, w XV wieku wzniesiono budynek przeoratu, a w drugiej połowie XVI wieku – renesansowy pałac opacki. Wystrój zespołu klasztornego w Mogile ulegał w czasach nowożytnych licznym przekształceniom, w tym barokizacji, zachował jednak do dziś wiele unikatowych świadectw trzech pierwszych wieków swego istnienia, w tym m.in. trzynastowieczne zworniki sklepień w nawach bocznych, ceramiczną posadzkę z prezbiterium datowaną na połowę XIII wieku, piętnastowieczne antependia ołtarzy przyfilarowych po bokach prezbiterium, późnoromańską piscinę (forma chrzcielnicy) w kaplicy św. Bernarda, a przede wszystkim – bardzo cenne wczesnorenesansowe polichromie cysterskiego mnicha Stanisława Samostrzelnika w prezbiterium („Zwiastowanie Najświętszej Maryi Panny”), transepcie („Ukrzyżowanie”), krużgankach i bibliotece klasztornej. Do wybitnych osiągnięć polskiej rzeźby renesansowej historycy sztuki zaliczają umieszczony w transepcie świątyni nagrobek mogilskiego opata i krakowskiego biskupa pomocniczego Marcina Białobrzeskiego (ok. 1530–1586).
Klasztor mogilski odegrał również bardzo ważną rolę w najnowszej historii Krakowa: w pierwszych latach istnienia Nowej Huty był jedynym ośrodkiem duszpasterskim na terenie wzorcowego „miasta bez Boga”.
Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa kilkakrotnie angażował się w realizację prac rewaloryzacyjnych w klasztorze mogilskim. W latach 1996–1999 udało się odnowić elewacje kościoła, w tym trzynastowieczne rozległe ceglane partie murów prezbiterium i transeptu. W kolejnych latach przeprowadzono konserwację późnogotyckiego ołtarza głównego (2000–2001) i czternastowiecznych elewacji wirydarza (2003–2005). SKOZK wsparł również renowację krużganków – bardzo trudne zadanie ze względu na zły stan zachowania cennych polichromii Stanisława Samostrzelnika (2005–2008). Ostatnie lata przyniosły odnowę gotyckiej fasady klasztoru (2009–2010) oraz polichromii Stanisława Samostrzelnika w prezbiterium i transpecie kościoła (2012–2013). Nadal trwają kompleksowe prace konserwatorskie przy wystroju wnętrza kościoła.
W latach 1996–2001 oraz 2003–2016 na zadania rewaloryzacyjne w zespole klasztornym w Mogile SKOZK przeznaczył 5.417.431 zł.