Gotycki kościół powstały u stóp Wawelu w pierwszej połowie XIV w. jest jedną z najstarszych budowli ceglanych w Krakowie. Początkowo podlegał patronatowi benedyktynów z Sieciechowa, a od roku 1595 do dziś jego gospodarzami są krakowscy dominikanie. Posiada prostą, jednonawową formę. We wnętrzu znajdują się stalle z różnobarwnych marmurów, wapienia pińczowskiego, piaskowca i alabastru. Jest to pozostałość po nagrobku św. Jacka z jego kaplicy w kościele Dominikanów, wykonanym w XVI w. przez Jana Michałowicza z Urzędowa, a przeniesionym w nowe miejsce w 1629 r. Większa część wyposażenia wnętrza kościoła pochodzi z XVII w.: późnorenesansowy ołtarz główny i chór muzyczny z jego początku a także w trzeciej ćwierci wieku powstałe ołtarze boczne i ambona. Z czasem budowla obrosła szeregiem przybudówek, z których dużą część rozebrano w XIX w. Na placu przed kościołem znajduje się Krzyż Katyński wzniesiony w 1990 roku dla upamiętnienia ofiar zbrodni sowieckich. Kościół jest dziś współużytkowany przez wspólnotę wiernych obrządku ormiańskiego.
Po raz pierwszy kościół odnawiano ze środków SKOZK w l. 1981-86 pod kierunkiem o. Adama Studzińskiego – zmarłego w 2008 r. dominikanina, uczestnika bitwy pod Monte Cassino i generała brygady WP. Przeprowadzono wówczas najpilniejsze prace konserwatorsko-budowlane, kamieniarskie i elektryczne, wykonano konserwację i częściową rekonstrukcję ambony, zakonserwowano 2 ołtarze boczne z nawy kościoła. W roku 1989 ze środków SKOZK odrestaurowano organy. W l. 1993-1995, wnętrze kościoła zostało poddane dzięki funduszom SKOZK dalszej konserwacji – przeprowadzono prace przy ołtarzu głównym, figurach późnogotyckiej grupy Ukrzyżowania, stallach z pomnika grobowego św. Jacka, odnowiono dach nad przejściem do kościoła, polichromowane drzwi i ołtarz „Ukrzyżowania”. W dalszej kolejności miała miejsce renowacja drzwi wejściowych do kościoła, balustrady chóru oraz dwóch portali kamiennych. W l. 1996-1998 poddano renowacji wszystkie elewacje kościoła W 2005 r. przeprowadzono remont pokrycia dachu kościoła, a w roku następnym renowację i izolację muru przykościelnego stanowiącego tło dla Krzyża Katyńskiego.
Łącznie w l. 1995-2006 SKOZK przeznaczył na prace w kościele 333.461 zł.