Kolegiata, kościół parafialny i akademicki. W XIV w. stał na jej miejscu kościół drewniany. Po pożarze Krakowa w 1407 r. wniesiono tu z fundacji Władysława Jagiełły murowaną świątynię. Rozebrano ją, aby przygotować miejsce pod obecny kościół wzniesiony w latach 1689-1703 z funduszy Uniwersytetu Krakowskiego według projektu Holendra Tylmana z Gameren – najwybitniejszego z działających na ziemiach polskich architektów doby baroku. Zbudowana wówczas trzynawowa bazylika z kopułą na skrzyżowaniu nawy głównej i transeptu oraz włączoną w pierzeję ulicy dwuwieżową fasadą okazała się jedną z najpiękniejszych barokowych świątyń w Polsce i Europie. Wnętrze zdobi bogata dekoracja rzeźbiarska Baltazara Fontany oraz malowidła Karola Dankwarta. W kościele znajdują się doczesne szczątki św. Jana z Kęt, żyjącego w XV w. profesora i patrona Uniwersytetu, a także liczne epitafia i tablice pamiątkowe. W 1997 r. w kościele miało miejsce spotkanie Jana Pawła II z polskim światem nauki.
Kościół był wielokrotnie restaurowany. Ostatni etap prac konserwatorskich w l. 1993-99 był finansowany przez SKOZK. Wykonano wówczas wymianę pokrycia dachowego, przeprowadzono remont konserwatorski elewacji kościoła, a także kompleksową konserwację dekoracji wnętrza nawy głównej i kopuły, ramion transeptu oraz kaplic w nawie zachodniej (św. Piotra i św. Katarzyny). Przeprowadzono także konserwację ambony oraz dekoracji wnętrza kaplic św. Jana Chrzciciela, św. Sebastiana i św. Józefa. Po jedenastu latach przerwy SKOZK powrócił do finansowania prac w kościele przeprowadzając konserwację ławek i konfesjonałów oraz konserwację wiatrołapów i 2 sztuk drzwi do naw bocznych.
Łączne nakłady SKOZK na prace w kościele w l. 1993–1999 oraz w r. 2010 wyniosły 3.123.425 zł.