W uznaniu zasług Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa dla odnowy gmachu Collegium Maius UJ w dniu 1 lipca 1999 roku w sieni wejściowej do tego najstarszego gmachu uniwersyteckiego w Polsce Uniwersytet wmurował specjalną tablicę pamiątkową.
W Collegium Maius UJ cały czas prowadzone są prace konserwatorskie, remontowe i adaptacyjne. SKOZK w latach 1995–2006 i ponownie od 2008 roku wsparł je łączną kwotą 7.470.641 zł. Dzięki środkom tym przeprowadzono m.in. remont konserwatorski elewacji, renowację krużganków, remont więźby dachowej, wymianę pokrycia dachowego, wzmocnienie stropów podstrychowych, odnowę i adaptację dla potrzeb muzeum gotyckich piwnic oraz rewitalizację Ogrodu Profesorskiego.